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《西安交通大学学报(医学版)》（原名《西安医科大学学报》）创刊于1937年，是由国家教育部主管、西安交通大学主办面向国内外公开发行的国家级综合性医学学术刊物。 《西安交通大学学报(医学版)》刊物以本校重点学科为依托，主要报道本校在医学科研、教学、医疗等方面的新成果、新技术和新经验，报道国内外医学新动态、新理论、新进展。内容涉及基础医学、临床医学、预防医学、口腔医学、法医学、药学、祖国医学、生物工程等学科。 《西安交通大学学报(医学版)》被北大2000版核心期刊、北大2004版核心期刊、北大2008版核心期刊收录，中国学术期刊综合评价数据库来源期刊。
《西安交通大学学报（社科版）》（双月刊）创刊于1981年，是教育部主管、西安交通大学主办的人文社会科学方面的综合性学术理论刊物。主要反映学校师生在管理科学、人文社会科学及交叉科学方面的研究成果，同时反映人文社会科学研究的热点和前沿问题。 《西安交通大学学报（社科版）》本刊2004年进入教育部高校哲学社会科学学报名栏建设期刊行列，为全国高校百强社科学报，全国人文社会科学学报核心期刊，是《中国学术期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《万方数据——数字化期刊》、《中国核心期刊（遴选）数据库》的刊源。本刊部分论文被《新华文摘》、《中国社会科学文摘》、《高等学校文科学报文摘》、《人大复印报刊资料》等转载。曾获陕西省高校优秀社会科学学报一等奖。2005年，该刊被遴选为CSSCI来源期刊。入选CSSCI对促进学校社会科学的研究和学科的发展提供了一个广阔的学术平台，也成为学校对外进行学术交流与宣传的一个重要园地。
《西安交通大学学报》（月刊）1960年创刊，是综合性自然科学学术理论刊物，国际标准开本，国内外公开发行，具有明显的机电特色。 《西安交通大学学报》主要刊登机械、电气、能源、动力、材料、电子、信息与控制、计算机、物理、力学、化学工程、生物工程、建筑工程以及有关新兴、交叉学科方面的最新研究成果。 《西安交通大学学报》栏目设置：研究论文、研究综述、研究简讯。