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《同济大学学报·自然科学版》（CN:31-1267/N）自1956年创刊起，以月刊形式发行。

《同济大学学报·自然科学版》获上海市优秀科技期刊；全国高校优秀自然科学学报及教育部优秀科技期刊三等奖；2004年全国高校优秀科技期刊评比中荣获“优秀编辑出版质量奖”、首届《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行优秀奖。